Sebarang bentuk bencana alam yang berlaku samada dalam atau luar negara, Yayasan Al-Khalifah turut menghulurkan bantuan dari segi bantuan dana dan menghantar tim bantuan kemanusiaan di tempat-tempat kejadian. Antaranya misi bantuan banjir yang melanda negara setiap tahun, tanah runtuh, gempa bumi di luar negara dan sebagainya.
